Pada zaman pendudukan, situasi di mana-mana sangat tidak stabil, karena penjajahan yang terjadi bukan hanya materiil tetapi juga yang bersifat immateriil seperti ideologi, agama, budaya dan sosial. Masyarakat dalam keadaan kacau, umumnya mereka banyak meminta perlindungan para kiai dan ulama. Oleh karena itu, benteng yang kokoh dapat dianggap dapat melindungi mereka adalah pesantren sebab kiai tersebut sebagai pengasuhnya.
Keberadaan pondok pesantren yang dipimpin para kiai, sangat bermanfaat untuk membentengi mental para santri dan masyarakat sekitarnya. Mereka dapat gemblengan mental dan keimanan yang kuat. Ilmu-ilmu agama pun dapat dikaji oleh mereka. Semua itu disampaikan dengan sistem dan cara yang sangat sederhana (tradisional). Itulah asal-muasal berdirinya kelembagaan pendidikan di Bugel dan selanjutnya didirikanlah sebuah pesantren.
Sebelum sistem klasikal diselenggarakan, di desa Bugel ini terdapat pesantren yang didirikan oleh KH. Abdurrahman, akan tetapi belum sempat mengembangkannya beliau wafat ketika sedang menjalankan ibadah haji di tanah suci Makkah. Akhirnya rintisan ini dilanjutkan putra (menantu) beliau asal Demak yakni KH. Ismail (wafat tahun 1936) dan kemudian berdirilah sebuah pesantren pertama dengan nama “Safinatun Naja”. Pergantian nama “Matholi’ul Huda” diberikan setelah putra beliau, K. Mawardi pulang mengaji dari seorang guru ngaji KH. Mahfudh – Ponpes. Polgarut Kajen Pati. Bersama kiai-kiai lainnya beliau mengembangkan pesantren dengan dibuatnya sistem klasikal. Para kiai yang membantu beliau antara lain K. Ma’shum, K. Ilyas, KH. Sulaiman, dan K. Hambali.
Pada tahun 1943, tepatnya tanggal 10 Oktober 1943 M/10 Syawwal 1362 H, bersama ulama setempat dan masyarakat, beliau mendirikan madrasah (setingkat dengan ibtidaiyyah sekarang).Pada umumnya lahirnya Madrasah Tsanawiyah swasta di Kabupaten Jepara ini adalah metamorfosa (pergantian bentuk) dari sekolah–sekolah/tempat pendidikan yang bersifat kejuruan misalnya PGA, Muallimin/Muallimat yang masing-masing lama belajar 6 tahun.
Hal tersebut juga terjadi pada madrasah kami (Madrasah Tsanawiyah Matholi`ul Huda Bugel Kedung Jepara). Bahwa MA. Matholi’ul Huda Bugel memiliki ciri khusus antara lain, Pertama; pemisahan siswa putra dan siswi putri (dengan jarak lokasi gedung + 150 m), Kedua; penekanan pada kemampuan pemahaman keagamaan (kitab) salaf (dengan tambahan 8 mata pelajaran agama, meliputi; Ushul Fiqih, Nahwu, Shorof, Ta’lim al Muta’alim, Qiro’atul Kutub, Tajwid, Qiro’atul Qur’an dan menulis Arab). Ketiga; wajib bagi siswa lelaki untuk berpeci hitam.
Lahirnya Madrasah Aliyah Matholi`ul Huda Bugel ini dari induknya ialah Madrasah Muallimin/ Muallimat 6 tahun yang lahir pada tanggal 01 Maret 1965 dan sebelumnya Madrasah Muallimin/ Muallimat 6 tahun ini lahir, sudah terselenggara pendidikan tingkat dasar/Madrasah Ibtidaiyah yang lahir pada tanggal 6 Januari 1946.
Pada tahun 1970, Pengurus membangun gedung sebanyak 5 lokal ruang belajar, 1 lokal ruang guru, 1 lokal ruang tata usaha dan ruang kepala madrasah. Madrasah Aliyah Matholi`ul Huda Bugel lahir pada tahun 1978, adapun secara administratif sebagaimana tercantum pada piagam dari Depag tertanggal 01 Januari 1979. Pada tahun tersebut Madrasah Matholi`ul Huda mengalami transisi pendidikan yaitu kelas I memakai kurikulum Madrasah Aliyah, kelas II dan III memakai kurikulum PGA 6 Th. Baru pada tahun ajaran 1980/1981 secara utuh memakai kurikulum Aliyah yang bersumber dari Departemen Agama.
| Asal-usul Lahirnya MA Matholiul Huda | |
| 1 | Sudah ditiadakannya Ujian Persamaan PGA 6 Tahun |
| 2 | Instruksi dari Departemen Agama |
| 3 | Karena bertambahnya arus pemasukan siswa/siswi pada tahun ajaran berikutnya maka atas prakarsa pengurus pada tahun 1979, dibangunlah penambahan lokal belajar sebanyak 5 lokal serta menyempurnakan bangunan yang dulu. |
| MA Matholiul Huda Bugel dari Masa ke Masa | |
| 1 | Tanggal 10 Oktober 1943 berdiri dan masih embrio berupa pondok pesantren. |
| 2 | Tanggal 1 Maret 1965 berbentuk Mu’allimien/Mu’allimat. |
| 3 | Tanggal 19 Maret 1979 terdaftar di Kanwil. Departemen Agama Jawa Tengah dengan nomor Lk/3c/226/Pgm. MTs/1980. |
| 4 | Tanggal 13 Oktober 1986 diaktenotariskan dengan nomor 14 oleh pejabat Dahlan Qosim, S.H. |
| 5 | Status akreditasi TERDAFTAR nomor : Wk/5c/Pgm/Tsanawiyah/1987 tanggal 11 Desember 1987. |
| 6 | Status akreditasi DIAKUI nomor : Wk/5.c/PP.00.5/1390/1993 tanggal 30 Juni 1993. |
| 7 | Status akreditasi DISAMAKAN nomor : A/WK/5.c/MTs/767/99 tanggal 25 Maret 1999. |
| 8 | Tanggal 4 April 2005 mengikuti akreditasi dan telah mendapat nilai terakreditasi A dengan SK Depag Prov. Jateng No. Kw.11.4/4/PP.03.2/642.20.05/2005, 29 April 2005. |